Történetünk a címben is szereplő Ueno-ra összpontosul, aki egy harmadéves alsó-középiskolás diáklány, emellett tehetséges feltaláló. Ő az iskola tudományos klubjának az elnöke és titokban beleszeret az egyik klubtagba, a másodikos Tanakába. Furcsa találmányaival próbálja bevallani érzéseit, de mindegyik kísérlete végül kudarcba fullad.

Egy japán városban járunk napjainkban. Egy furcsa baleset után a városban egy különös eltűnési áradat indul meg. A szóbeszéd szerint egy úgynevezett Boogiepop a felelős az eltűnésekért, akit Halálként is emlegetnek. Egy gimnazista lány, Nagi Kirima nyomozásba kezd az eltűnési sorozat után. Célja, hogy megtalálja Boogiepop-ot, akiről időközben kiderül: nem ő az igazi ellenség...

1945. augusztus 20., bejelentik, hogy Japán elvesztette a világháborút. A várt angol helyett azonban a szovjet hadsereg érkezik a szigetre. A két főhős Giovanni és Camponella, akiket anyjuk kedvenc mesekönyvének hőseiről nevezett el. A két gyermek szemszögéből ismerhetjük meg a világháború utáni eseményeket. A történet vidáman kezdődik, mivel a két gyerek fél a Vörös hadsereg katonáitól, mégis sikerül jó viszonyt kiépíteniük a főparancsnok lányával, Tanya-val.

Eri egy nap találkozik egy furcsa, de nagyon szépen éneklő lánnyal. A különleges lányról kiderül, hogy nem csak az osztálytársa, de a szobatársa is lett, és persze amilyen izgága, hamar kideríti, hogy egyik kedvenc számát pont a visszafogott Eri írta. A két lány teljes mértékben kiegészíti egymást, ezért vállalkoznak egy közös dalra. Ez vajon csak egy egyszerű dal? Vagy több ennél?

Egy lány hazafelé tart a biciklijén, mikor egyszer csak felborul vele, és meglát egy lényt a földön ülni egy szentély szélén. A szentély istennője az, és a szentély fáját kivágták, a terület pedig átépítés alá került. A lány hazaviszi őt, de vajon mi lesz a sorsa az istennőnek, mikor végleg eltűnik a szentély, ahova tartozott?